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禅宗真正在日本得以弘扬，始于禅宗临济宗始祖明庵荣西。荣西（1141ー1215年）出生于一神官家庭，14岁入比叡山，168年（南宋孝宗乾道四年、日本仁安三年）4月入宋，师从重源，同年9月回国，将天台的新章疏30余部60卷带回日本，献给了天台座主明云。
在短短5个月留学期间，荣西虽然来不及学习禅宗，但是宋朝禅宗的盛行情形，无疑深深地打动了这位年轻的求法僧。但是处于平安晚期的日本，以天台、线宗为代表的旧佛教宗派仍执日本佛教之牛耳，神宗作为大陆新兴的宗教文化，无法见容于这些宗派。1187年（宋淳熙十四年、日本文治安三年），荣西在时隔19年后从九州博多港登船，再度入宋留学。
最初他曾矢志仿效唐三藏法师玄奘往印度求法，但当时通往西域之路已经阻绝，荣西遂无奈往浙江天台山万年寺向虚庵怀散禅师参禅问道。后怀敵迁居明州天童寺，荣西随师同往，得师获准传法之印，于1191年（宋绍熙二年、日本建久二年）学成归国。虚庵的禅属临济宗，荣西依据法脉为其第8世法孙。荣西回国3年后开始在京都讲禅，但不久即因比叙山僧众状告而遭朝廷禁止，并和大日能忍一起遭到弹压。为了回应佛教既成宗派对神的责难，荣西撰写了《兴禅护国论》一书，力说禅宗兴隆对国家的种种益处。正治元年（1199年）荣西移居镰仓后，获得了北条政子、源赖家等幕府高层的支持。先在北条政子援助下建了寿福寺，后受源赖家援助，于建仁二年（1202年）在京都东山建起了建仁寺，使之成为京都禅宗的据点。建永元年（1206年），荣西继重源之后出任东大寺大劝进职，建保元年（1213年）被任命为权僧正。荣西所宣扬的禅，实以禅为中心融合了佛教各种宗派的思想，其宗教活动亦明显留有密教僧和戒律僧特征。荣西献呈源实朝的《吃茶养生记》一书的介绍，和他从宋国带回的茶种的种植，赢得日本社会的欢迎和接受，开辟了日本茶道之先河。